TBMM Darbe ve Muhtıraları Araştırma Komisyonu bünyesindeki 28 Şubat-27 Nisan Alt Komisyonu, AK Parti İstanbul Milletvekili Nimet Baş başkanlığında toplandı. 28 Şubat sürecinde ''Beşli Sivil İnisiyatif'' adı altında Refahyol Hükümeti'ne karşı bildiri yayımlayan 5 büyük sivil toplum kuruluşundan TİSK'in o dönem genel başkanlığını yürüten Refik Baydur, komisyona bilgi vererek ve milletvekillerinin sorularını cevaplandırdı. Baydur, “Gelinen bu süreçte 28 Şubat'ı değerlendirdiğinizde hata ettik diyebiliyor musunuz?” sorusuna, "Hiçbir şekilde hata ettiğimize inanmıyorum" cevabını verdi. Baydur, kendisinin şahsi olarak 'yeşil sermaye' adı verilen sermaye gruplarıyla bir sorununun olmadığını belirterek, yeşil sermaye ile MÜSİAD'la ve ona yakın kuruluşlarla bir ihtilafı olmadığını söyledi. "Bana göre bir ayrım yoktu" diyen Baydur, kendisinin MÜSİAD-TÜSİAD ayrımı yapmadığını ve TÜSİAD'ın üyesi olmadığını ifade etti.
Baydur, AK Parti'nin tarikatların kontrolünde yürüdüğüne inanmadığını belirterek, ancak Refahyol döneminde tarikatların etkili olduğunu ve kendilerinin de buna tepki gösterdiğini söyledi. Baydur, "Biz Erbakan'a 'git istifa et' demedik. Kendi kendine, ayağına mermi sıkmış iktidar" dedi.
Baydur, dönemin Başbakanı merhum Necmettin Erbakan'ın tarikat liderlerini Başbakanlığa iftar yemeğine davet etmesinin kendilerini endişelendirdiğini, 'Beşli Sivil İnisiyatif' olarak bu gelişmelere tepki gösterdiklerini, bunun dışında söz konusu platformun hükümetin istifasında dahlinin olmadığını belirtti. Baydur, 28 Şubat sürecinde askerden baskı görüp görmediği veya talimat alıp almadığına ilişkin olarak, "Hiçbir komutan bana emir vermeye cesaret edemez" şeklinde konuştu. 'Dindar' ve 'dinci' ayrımının önemli olduğunu söyleyen Baydur, "Dinci, dini çıkar için kullanır" dedi. 28 Şubat döneminde irticanın 'birinci tehlike' olarak görüldüğünün hatırlatılması üzerine Baydur, komünizmin irticadan daha önde gelen bir tehlike olduğunu söyledi.